Сертификаты из России и Киргизии равноценные будут или в РФ из киргизских сертификационных органов не котируются?

Сертификаты, как и декларации, имеют одинаковую юридическую силу и являются равноценными, так как и Киргизии, и Россия входят в таможенный союз (ТС). Обязательную разрешительную документацию (сертификаты/декларации) вы можете оформлять в любой из пяти стран, входящих в ТС, соответственно поэтому нет разницы в какой стране вы будете оформлять сертификат. Этот выбор зависит исключительно от вашего желания.